Broad Institute, Intel e Google avançam em estudo na área biomédica
Créditos: Divulgação/Intel

Broad Institute, Intel e Google avançam em estudo na área biomédica

Otimizações realizadas pela Intel e Google ajudarão em pesquisas genômicas

A Intel e o Google Cloud otimizaram o sistema do Broad Institute of MIT and Harvard para seus fluxos de trabalho para instâncias rápidas e econômicas do Google N1 e N2. Em comparação com a implementação inicial de cargas de trabalho no Google Cloud, a colaboração resultou em uma redução de 85% no custo de processamento de dados após a otimização. O instituto, em parceria com a Intel, desenvolve uma ferramenta para que cientistas de todos os cantos do mundo processem dados genômicos.

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Para adaptar-se a um aumento dramático na geração de dados genômicos e na demanda de pesquisa computacional, o Broad Institute migrou suas cargas de trabalho para instâncias do Google Cloud N2, servidores que contam com até 80 vCPUs da plataforma Intel Cascade Lake (10ª Geração). Ao modularizar os fluxos de trabalho do pipeline, ajustando as instâncias de nuvem para o tamanho correto com base nas necessidades da carga de trabalho e implementando os processadores escaláveis Intel Xeon, os usuários do Broad Institute podem executar seus fluxos de trabalho genômicos no Google Cloud de forma 25% mais rápida e a um custo 34% mais baixo, implantando em instâncias N2 com processadores escaláveis Xeon.

A Intel trabalha em parceria com o Broad Institute desde 2017, ajudando a otimizar o pipeline do instituto e sua ferramenta Genomics Analysis Toolkit (GATK) com a biblioteca Intel, incluindo a Genomics Kernel Library da Intel. Juntos, eles também gerenciam o Intel-Broad Center for Genomic Data Engineering, um projeto que permite que pesquisadores e engenheiros de software de todo o mundo construam, otimizem e compartilhem amplamente novas ferramentas e infraestrutura que ajudarão os cientistas a integrar e processar dados genômicos.

A Intel trabalhou com o Broad Institute para ajudar a otimizar seus pipelines no Google Cloud. Um exemplo são os núcleos específicos do kit de ferramentas de análise de genoma que são otimizados para operações vetoriais com as Advanced Vector Extensions 512 da Intel (Intel AVX-512). Algumas funções otimizadas de armazenamento usam a Intelligent Storage Acceleration Library da Intel (Intel ISA-L).

Buscando realizar uma visão mais ampla dos ecossistemas da área de ciências da vida, o Broad Institute, a Microsoft e a Verily desenvolveram a Terra, uma plataforma escalonável e segura para pesquisadores biomédicos de todo o mundo, onde estes podem acessar dados, executar ferramentas de análise e colaborar entre si. A Terra foi construída sobre uma infraestrutura de nuvem, permitindo ao Broad Institute escalonar com facilidade e capacitar a comunidade de pesquisa com novas capacidades para o benefício da pesquisa de soluções para doenças humanas.

Broad Institute of MIT and Harvard

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O Instituto foi fundado em 2004 e é uma colaboração entre duas famosas e respeitadas universidades dos Estados Unidos: Massachusetts Institute of Technology (MIT) e Harvard. O objetivo do Broad Institute é promover avanços nos estudos da biomedicina e de genomas. Através desses estudos, as universidades desenvolvem também pesquisas para compreender diversas doenças, como câncer e doenças infecciosas. As pesquisas sobre os genomas de cânceres têm um grande impacto para encontrar a cura de suas diversas variações, já que pesquisadores conseguem desenvolver tratamentos direcionados e efetivos para cada tipo da doença.

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Fonte: Intel
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Felipe Freitas

Felipe Freitas é formado em jornalismo pela Universidade Federal de Santa Catarina. Mas, segundo quase todo mundo, tem cara de quem fez Sistemas. Começou nos jogos com o SNES do seu tio, nunca passou da parte da montanha em Legend of Legaia e adora jogos com histórias bem feitas. Não perde a chance de fazer uma Jojo Pose.

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